婴儿房间隔缺损的严重程度取决于房间隔缺损的大小，同时要看是否合并其他心脏结构和功能的异常。如果婴儿仅出现很小的房间隔缺损，直径小于5mm，在婴儿期不需要特殊处理，只需要定期随诊观察。
如果婴儿房间隔缺损比较大，如8mm甚至10mm，个别甚至出现血流动力学改变，出现心脏不同程度扩大，或者合并其他的心内结构或功能异常。这时建议在专业的心血管内科或者心血管外科医生的指导下，进行规律随诊，必要时择期进行手术干预。
过大的房间隔缺损导致心内分流量过大，可能会加重心脏负担，后期可能会出现对心脏不利的影响，如心脏扩大、肺动脉高压、心功能衰竭，甚至部分婴儿会反复出现肺血多、肺部感染、肺炎等。如果反复出现上述症状，必要时建议在婴儿期通过外科手术根治先天的房间隔缺损。
