牙垢包括菌斑、软垢和结石。菌斑、软垢是牙周病的始动因子，即使去除后，还会不断地在牙面重新形成。刷牙是自我清除菌斑、软垢的主要手段，正确的刷牙方法能有效地清除菌斑、软垢。一般主张每天早晚各刷1次，也可午饭后增加1次，但与次数相比，更应强调刷牙的质量，即有效刷牙。暴露在口腔牙齿的每一个面都应该清洁干净，才能彻底的去除菌斑、软垢。必要时，需要在医生的指导下使用牙线、牙间刷、冲牙器等清洁牙齿邻面的菌斑，菌斑、软垢如不能及时去除，会在口腔内钙化形成牙结石。此时必须在医院进行洁治术。
洁治术包括龈上洁治术、龈下刮治术和根面平整术。龈上洁治术是指用洁治器械去除龈上牙石、菌斑和色素。现在一般都采用超声波洁治，通过超声波震碎牙结石，使其自然脱落。但肝炎、肺结核、艾滋病等传染性疾病患者不宜使用超声波洁治，以免血液和病原菌随喷雾污染诊室造成交叉感染。所以洁牙前应遵从医生要求做有关疾病的检查。龈下刮治术是用比较精细的龈下刮治器刮除位于牙周袋内的根面上的牙结石和菌斑。做龈下刮治时，必须同时刮除牙根表面感染的病变牙骨质，使刮治后的根面光滑而平整称之为根面平整术。
