婴幼儿麻醉的副作用是全麻的副作用，婴幼儿有可能因为手术结束之后药物过敏性因素，在整个围术期过敏的可能性更高。还可能会影响血流动力学，血压、心率可能会变化，变化幅度可能会超过正常值。在苏醒过程中，有些婴儿消退比较慢，消退时间可能会延长。这时会给患儿相关刺激、用药、监护，监护程度可能比正常成年人更高。
婴幼儿不配合手术，所以基本上都是全身麻醉。这时会根据婴幼儿情况来选用对肝肾功能代谢最小的药物、消退最快的药物、影响最小的药物。这些药物基本上只要维持手术过程即可，保持在手术过程中婴幼儿没有不适、疼痛，又能维持手术顺利进行，在手术结束之后消退的更好、舒适度更高。在婴幼儿的麻醉药物选择中，要求更为精准，而且要完全贴合婴幼儿的实际情况来进行药物配比，甚至在输液体的过程中也是精确计算，婴幼儿的精准麻醉要求更高。
