角膜散光激光手术常见的后遗症是术后感染，还可存在术后视力矫正问题，也有一些出现角膜浑浊或复位不良。

角膜散光激光手术出现术后感染多由于激光切削角膜基质伤及神经末梢，进而导致术后出现感染或原有感染进一步加重。还有比较常见的后遗症是欠矫、过矫或者术后视力回退。

在制作角膜瓣的激光手术中，除了感染还可能发生角膜浑浊或复位不良等并发症，另外可能还有夜视力不良或者眩光等影响视觉质量的并发症产生。

角膜散光激光手术对散光的度数和轴向都可以非常精准的进行校正，但仍然会存在角膜激光手术常见的一些并发症，临床上往往建议成年人选择手术治疗散光，其不仅能提高近视散光患者的视力和视觉，相关后遗症发生率也较低，若行手术利大于弊则可以进行手术治疗。