新型冠状病毒肺炎疫情期间，进行核酸检测的咽拭子采集部位是在咽喉部，在咽喉的左侧或者右侧咽峡部黏膜取样即可。在进行这种检查之前，通常要求受试者在不必要的情况下避免服用抗生素或者使用漱口水漱口，或者用口气清新剂以及含片等。部分患者可能存在口臭，或者口腔存在异味，可能会应用口气清新剂、含片等，在常规情况下，医生不建议患者使用，容易使咽部的细菌受到抑制，使检查结果不准确。
患者进行检查时，只需要张嘴，采集人员将咽拭子棉签在咽部两侧进行采集，大概1-2秒即可。一般不会引起明显的恶心、呕吐等症状。患者如果较为紧张，出现乱动的情况，越容易引起咽部黏膜损伤。进行检查之后，护士将咽拭子放入试管中即可。如果不是新型冠状病毒肺炎核酸检测，患者由于扁桃体炎或者是扁桃体周围脓肿进行咽拭子检测，只需将棉签对咽部炎症比较明显的部位进行取样即可。
