结肠镜检查指利用一根前端装有镜头的软管，将软管通过肛门顺到肠壁里去检查，从右下腹的回盲部，就是盲肠、升结肠到横结肠、降结肠、乙状结肠，最后是直肠。
常见的是从肛门进去，从直肠往上走一直到盲肠和回盲段，走到最里面后再退回去进行检查，看盲肠、升结肠、横结肠，降结肠、乙状结肠，到底有无病变，再退进去观察。所以软管插管的过程中，可能会感觉不舒服，但是大多数人可以耐受。
现在肠镜技术也很先进，不会感觉太疼，但是对于比较瘦弱的患者或者做过手术的患者有术后粘连，尤其是做过妇科手术的人会比较疼痛。如果害怕肠镜检查引起疼痛，可以做无痛的肠镜检查，在全麻下可以做肠镜的检查，检查非常舒适，没有明显疼痛感。
另外在肠镜检查前，建议肠道一定要清理干净再去照肠镜，否则肠道里黏膜上浮的物质，可能导致结肠镜检查看不清。
