现在肠道菌群主要通过大便进行化验，临床上用的比较多的主要是大便的菌群分析办法。
在医院里，如果检验肠道菌群，主要收集2个小时内新鲜的大便样本，送到化验室化验，然后通过染色后在显微镜下判断菌群，即杆菌/球菌的比例，还有细菌的数量，是比较粗略的定量办法。
如果比较精确的定量办法，像PCR类的分子生物学的办法，但目前因为成本比较高，准确性也受到一定的制约，还没有在临床上大规模地运用。
包括除了检测大便以外，有时候可以检查肠道黏膜的活检样本，在肠黏膜活检样本中可以通过PCR、分子生物学的办法，检测肠道菌群的含量。
所以检测肠道菌群可以通过PCR、显微镜下的染色的很多种方法进行检测，但是目前在临床上使用的最多的是显微镜下染色的办法，能够粗略的判断菌群的含量、球菌/杆菌的比例，这对临床工作有一定的指导意义。
