通常患者进行输精管造影检查并不会感觉到痛苦，可能在针对输精管进行穿刺时会出现疼痛、不适感。输精管造影为一项可有效了解输精管病变的检查，检查过程患者需平躺，医生从阴囊根部进行触摸，用手固定住输精管，另一只手持穿刺针刺入输精管中，穿刺过程患者会感觉疼痛。而后再置入一根能够注射的导管，将造影剂推注到输精管中，在X光下进行照射。但在真正穿刺前，医生可能会局部注射麻醉药物以减轻疼痛不适，置入穿刺针后，患者痛苦感不会过于明显。
整个过程患者平躺在操作台，注入造影剂后进行X光照射，了解造影剂在输精管内位置，以方便了解输精管内结构。当照射完成后，医生拔出穿刺针局部按压再覆盖敷料。因此，整个操作过程较痛苦的为进行穿刺过程，如果时间较短时，绝大部分患者可以忍受。
