川崎病主要是一个血管的炎性病变，具有自限的倾向。如果小孩得到及时治疗，多数小孩的生命不会受到威胁，而且预后相对较好。只有1%-3%的小孩在治愈之后可能会出现复发的情况。
川崎病最主要的损伤是对冠状动脉的影响。如果小孩长时间发热未得到确诊或治疗后反复发作，可能会导致冠状动脉瘤的形成。这容易引发小孩心肌坏死、心律不齐等严重的心脏损伤，有可能发生猝死，但这种情况相对罕见且发病率不高。
目前川崎病的治疗手法相对比较成熟，可以采用免疫球蛋白治疗、激素治疗或使用抗凝药物，这样冠状动脉瘤的发生率也能明显降低。小孩的疾病状态都能得到良好的控制。
因此，一旦诊断为川崎病，应积极治疗，控制冠状动脉瘤的形成和凝血状态，以减少可能的心脏猝死。大部分患有川崎病的小孩都能正常存活，由川崎病引起的大量猝死情况很罕见。
