甲沟炎发作及预防都要使用碘剂，其中包括碘伏、碘酊，两者都有杀菌作用但是又有所不同。其中碘伏不含有酒精，主要是杀灭细菌，而碘酊含有酒精的同时具有酒精的杀灭作用，但是碘酊的刺激性要比碘伏更强。所以如果患者患有的甲沟炎局部有伤口，为减少对伤口的刺激，建议使用比较温和的碘伏。如果是局部肿胀非常明显并没有伤口，使用碘酊时可以产生酒精的消肿作用，两者各有利弊。
因此，如果患者的甲沟炎有红肿的炎症肉芽，使用碘酊的时候可能会因为酒精带来伤口刺激而产生不适感，所以碘伏相对比较柔和，对伤口的刺激和疼痛感相对比较微弱。但由于碘伏比碘酊更普及，所以在日常的甲沟炎的消毒中，患者使用碘伏即可。如果想具有更强的杀菌能力和消毒能力，可以使用碘酊，但需注意碘酊对伤口刺激的不良反应。
