在肾脏病学方面，GBM通常代表的是肾小球基底膜。肾小球结构通常是由肾脏血管的内皮细胞，内皮细胞上面一层就是基底膜，基底膜外面就是上皮细胞，所以基底膜是内皮细胞和上皮细胞之间的基底层。
基底层首先可以形成分子屏障，很多蛋白质不可以滤过，第二个就是因为这个基底膜通常带有负电荷，也可以形成电荷屏障，让带有负电荷的蛋白质不能通过基底膜到达原尿中，这是基底膜的作用。
通常在肾炎或者肾病的情况下基底膜会受损，基底膜受损后，血中的蛋白质就会到尿液中来，然后到尿液中后，就可以在尿中看到有尿蛋白。这种情况下，通常认为这个病人可能有肾炎或者肾病等。这时，如果尿蛋白量较多，一般会要求病人做肾穿刺活检。
肾穿刺活检就是明确整个肾脏的病理情况，另外明确基底膜有无问题，是非存在基底膜变薄、基底膜增厚、基底膜损伤等。这就是基底膜，肾脏病方面其滤过屏障的作用。
