咽喉囊肿最常见的就是会厌囊肿，其他部位的囊肿相对少见。咽喉囊肿治疗原则是，如果囊肿不引起明显的不适症状，一般可以观察。在观察过程当中如果囊肿有持续增大，出现相关压迫之类的不适症状就可以考虑手术治疗。
如果咽囊囊肿没有症状，可以先观察，继发感染导致明显的鼻咽炎情况，就可以考虑手术治疗切除囊肿，从而改善鼻咽炎的症状。会厌囊肿如果比较小，一般不会导致任何不适症状，也有可能长期维持比较小的状态不增大，这种情况就可以直接观察而不必用药治疗。
如果会厌囊肿持续增大，导致咽喉的异物感，有时还会导致一定程度的吞咽疼痛和吞咽困难，就需要通过手术切除会厌囊肿。手术就是在支撑喉镜下的喉显微手术，一般创伤很小。手术治疗效果较好、恢复很快，术后1天基本就恢复差不多。
