肠镜的麻醉基本上都是指的无痛肠镜，使用的麻醉是静脉全麻，而且是不需要插管的静脉全麻操作。在肠镜病人进了操作间以后，会开放手背或者手腕部的表浅静脉，然后进行补充液体，补充水分、电解质。等到接近于操作时，会注入镇静催眠药，一般就是依托咪酯或者异丙酚等药物，可以使用镇痛药物，甚至也可以不用镇痛药物。
肠镜的疼痛比较轻微，主要是因为肠部是内脏痛，主要是钝痛，而不是锐痛。在做肠镜时的疼痛、腹胀，主要是因为肠内打的气体，只要排气以后，疼痛就会好转。手术操作过程当中，如果病人有一些体动，可再继续给予一些药物，甚至可以将镇静、镇痛的药物持续给予。等到手术结束时，可以停止药物使用。所以肠镜的麻醉，对病人还比较舒适，需求度比较好。
