罹患基底动脉供血不足，患者选择用药上，常用的就是降低血液黏稠度以扩张脑血管，改善脑部微循环、营养代谢的药物，如丁苯酞和神经保护剂的药物。同时还要根据患者自身的基础病，进行针对性的用药，可以酌情使用氯吡格雷等抗血小板聚集的药物。
有高血压疾病的患者需要服用降压药物控制血压；有糖尿病的患者需要用胰岛素、二甲双胍、格列脲类的药物来控制血糖，预防糖尿病导致的血管病变；高血脂患者需要应用他汀类药物来控制血脂，如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀。
如果有偏头痛、眩晕的患者可以使用盐酸氟桂利嗪胶囊等进行治疗；也可以根据中医的辨证分析对因治疗，选择一些中药制剂，如银杏叶提取物、疏血通、血塞通、曲克芦丁等。
