口臭有部分原因是幽门螺杆菌引起，但并非所有口臭都是由幽门螺杆菌引起。造成口臭的原因有很多，很大一部分原因是口腔本身病变，比如口腔慢性炎症以及慢性牙龈、牙周炎症，可能会引起口腔气味，造成比较明显的口臭。
口腔与消化道、呼吸道相通，所以有消化道、呼吸道相关疾病，也可能会引起口腔异味比较明显，比如出现老慢支，经常咳嗽的患者可能会出现口臭。慢性胃炎、消化不良的患者，也有可能会导致口气比较明显。在慢性胃炎、消化不良的患者当中，很多人有明确病因，如幽门螺杆菌感染，所以部分口臭原因与幽门螺杆菌感染有关。针对这部分患者，可能根除幽门螺杆菌，治疗慢性胃炎、消化不良之后，口气会有比较明显的改善。
