尿道下裂的人可能会影响下一代。尿道下裂目前病因并不清楚，很多病因只是推测可能存在有一定的关系。其中遗传因素在尿道下裂的发病当中起一定作用，尽管绝大多数的尿道下裂患者都是特发性，并没有遗传背景。

但是也有一部分尿道下裂患者有遗传因素存在，大概有20%-25%的患者存在遗传因素。研究资料也发现，8%的患者父亲和14%的患者兄弟也同时罹患尿道下裂，先证者的兄弟们罹患尿道下裂的风险，要高于正常人的10倍。所以遗传因素在尿道下裂的发病中，应当起着一定的作用。

其它因素就是胚胎发育过程中的异常，还有就是在胚胎发育当中睾酮的异常，常见的有胚胎睾丸的雄激素分泌不足、胚胎睾丸间质细胞的过早撤退、胚胎内5α-还原酶抑制剂的不足，以及靶器官的雄激素受体相对不足。

孕妇应用黄体酮可能会导致尿道下裂，在环境中存在类似雌激素样的物质，比如二噁英等，也会造成尿道下裂的发病率提高。