体外冲击波碎石对肾脏有一定的损伤，而且肾脏损伤是体外冲击波碎石严重的并发症之一，可以造成永久性肾损伤。
常见的肾脏损伤包括肾脏的包膜下血肿、肾盂破裂、肾单位永久性损伤、完全的肾乳头坏死，以及弥漫性纤维化、瘢痕化，甚至出现急性肾功能衰竭。
体外冲击波的空化效应和应力效应是造成肾损伤的主要原因，通常在老年人多见一些，尤其是有凝血功能异常、服用了阿司匹林药物等情况下，发生的概率要高一些。因此在治疗中，降低冲击波的次数、频率和能量，对降低肾脏损伤有帮助，同时还可以提高误识率。
如果是小的包膜下血肿，一般通过保守处理即可好转。对于较大的包膜下血肿，必要时进行穿刺引流。如果造成了肾脏实质损伤，需要进行介入栓塞或者肾脏修补，严重的需要行肾脏切除手术。如果出现尿液外渗，需要进行尿液引流，来达到处理的目的。
