子宫内膜异位症属于性激素依赖性疾病，所以只要患者不绝经，子宫内膜异位症可以复发。即使手术并不能解决根本问题，所以子宫内膜异位症属于长期管理疾病。但治疗除手术治疗以后需要药物进行管理，需要使用药物主要为高效孕激素以及避孕药。激素存在一定副作用，例如极少数患者服用以后可能会引起发胖，但大多数患者可以耐受。
使用高效孕激素以及避孕药可以选择副作用较轻微的药物。高效孕激素包括孕三烯酮、丹那唑，这些药物一般由于含有雄激素类衍生物，存在雄激素样作用，所以很多人会出现声音变粗、毛发增多。孕激素副作用包括乳房胀痛、头痛症状，但随药物研发，现在使用药物副作用较小，较为轻微。极少数患者出现口服避孕药以后引起发胖，此时可以选择副作用较轻的药物。
