牙齿错位危害较多，可能影响发育，即影响健康，如反(牙合)畸形。正常上颌牙包括下颌牙，上牙在前边，而反(牙合)畸形是下颌牙反咬在上颌牙的前面，此时会限制上颌牙齿向前发育，也限制上颌骨向前发育，会造成骨性下颌前突，影响上颌骨发育，形成地包天脸型，此为限制发育。
另外，牙齿错位不易清洁，较难通过刷牙将脏东西清出。如果患者牙齿错位清洁不佳，可能形成牙龈炎症、牙周炎症、龋坏，即脏东西较长时间聚集形成龋坏的因素。此外，小颌畸形，小下巴畸形的患者会出现合并症，即呼吸睡眠暂停综合症。当孩子出现暂停时血氧饱和度会降低，影响孩子整体发育及智力。
