肛门有水流出一般是由于肛门关闭不全，使肛门内分泌物通过关闭不全的肛门流到肛门外引起。导致肛门功能障碍的原因大多数是和肛周疾病相关，比如肛瘘、肛裂、痔疮、息肉等，容易造成肛门关闭不全或者关不严的情况。这时肛内分泌物会通过关闭不全的肛门流到肛门外，而肛瘘患者可以有分泌物直接从直肠内流到肛门周围，形成比较难以忍受的湿疹和瘙痒。
当出现肛周有流水情况时，要判断是否有肛周疾病，可以通过直肠指诊或肛门镜等检查，发现以及明确相关病变，必要时可通过病理活检明确肿物性质。对于痔疮、息肉等疾病，应积极治疗原发病，而息肉只能进行手术切除。肛瘘、肛裂等炎症性疾病大多数情况下不能通过抗生素治疗，只有进行手术切除，使新生肉芽组织由内向外生成，炎症才能控制，症状会逐步好转。
