如何治疗骨髓水肿伴发关节积液，不能一概而论，大部分诊断明确的病人可通过药物治疗，部分病人也可通过使用体外冲击波进行治疗，疗效较好。病情顽固的病人，通过药物、休息、体外冲击波都无法缓解病情的病人，可能需进行微创减压的手术进行治疗。
骨髓水肿伴随关节积液的病因目前还未清楚，主要是一种特发性骨髓水肿。少部分病人可能合并骨坏死，或有其他原因，比如风湿、类风湿、结核或其他原因，需针对病因治疗。部分特发性的骨髓水肿病人无法明确是何种原因引起骨髓水肿和关节积液，通常建议病人卧床休息，制动，使用消炎、止痛类药物，如前列腺素等药物，同时进行物理治疗。现在较有效的治疗方法是使用体外冲击波，主要是聚焦式的体外冲击波，有较好的治疗效果。经过体外冲击波治疗后，大部分病人会得到缓解。少数顽固性病人需要进行减压手术，90%病人通过非手术治疗会得到好转。
