胃镜活检术是指在做胃镜时，通过使用一次性活检钳插入胃镜的活检孔到达胃腔内，在检查病变部位取材，一般取材比较小，大概只有0.2-0.3mm，最大0.5mm，取材后在显微镜下观察细胞形态，检查到胃腔内有病变时可以通过上述方法明确病变性质。
如果检查时在胃内看到溃疡，有时通过医生肉眼观察不能判定溃疡性质，往往可以通过胃镜活检取出组织，在显微镜下观察看有无恶性细胞的存在。这是区分良性和恶性非常好的方法，在临床专业上胃镜检查是明确病变性质的金标准。