消化系统的主要器官主要包括消化道管道器官和消化腺器官，常见器官如下：
1、消化道管道器官：如口、咽、食道、胃、十二指肠、空肠、回肠、阑尾、盲肠，还有结肠、直肠、肛管；
2、消化腺体的器官：如肝脏、胰腺，胰腺主要分泌多种消化酶，如胰淀粉酶、胰脂肪酶、胰蛋白酶原、糜蛋白酶原等，还可以分泌碳酸氢盐，可中和胃酸而减少小肠受到胃液腐蚀的机会。肝脏可以分泌胆汁，胆汁储存在胆囊内从而可促进脂肪类的消化。唾液腺或胃肠道管壁内的部分小腺体，也可分泌促进消化的物质，而促进食物的消化。
食物的消化始于口腔，再通过肛门排出体外，通过每一个消化器官进行系统协作而共同完成食物消化的过程。任何一个部位出现异常，都可导致患者出现食物的消化、吸收不充分，从而出现一系列的症状，发生消化不良，如有腹痛、腹胀、腹泻、便秘的情况。
