尿道流脓首先要做尿液检查，然后进行尿道分泌物检查找到病原菌，观察是淋病、支原体、衣原体，还是一般的细菌。另外要做前列腺的检查，观察有无合并前列腺炎，同时还要注意交叉感染，如内裤、内衣要隔离，禁止性生活。
待药敏试验结果出来后，要针对药敏结果进行彻底治疗，如是是淋病，要彻底打七天头孢曲松进行治疗，患者一般可以治愈。如果是支原体、衣原体，会有好多对阿奇霉素不敏感，所以如果查出病原菌，要应用病原菌比较敏感的抗生素进行彻底治疗。因为临床耐药的病原菌较多，所以发现任何尿道流脓一定要找出病原菌，不能经验用药。经验用药可能对患者无治疗效果，所以一定要做药敏试验，针对药敏试验结果，应用敏感的抗生素进行彻底治疗，并且回家后对内衣、内裤进行隔离。
