儿童肌酸激酶同工酶升高一般提示心肌受损，提示心肌有炎症、缺血。常见病因包括感染性心肌损伤、感染性心肌炎、风湿性心脏病、风湿性心肌炎、缺血性心脏病，甚至各种类型心肌病导致的心肌缺血。肌酸激酶同工酶升高程度也和病情严重程度有一定的相关性，如在普通急性心肌炎时肌酸激酶同工酶可能是轻度升高，提示炎症可能是局灶或病变范围比较小。
如果肌酸激酶显著升高，提示心肌病灶比较广泛或整个炎症、水肿、坏死区域范围较广，对于疾病严重程度有一定临床提示作用。在诊断患者是否有心肌损伤、心肌炎，甚至心肌缺血、坏死时，除肌酸激酶同工酶，还可以同时评估肌钙蛋白、肌红蛋白，综合进行心肌损伤方面的评估。
