喉咙内有囊肿无论患者服用何种药物，均难以使喉咙囊肿完全消除，使用含片可能阻止囊肿进一步发展，或者减轻囊肿周围黏膜的慢性炎症。但通过吃药方法无法使囊肿消除，只能通过手术方法进行切除。
咽喉较多部位均可发生囊肿，如咽部黏膜、扁桃体或会厌部。囊肿在症状不典型时，即发现有囊肿，但患者无不适症状，如咽喉部异物感、咳嗽或痰中带血等症状时，可以暂时不予处理。咽喉部出现症状后，再进行手术切除即可。
少部分患者未进行手术切除，过一段时间囊肿可能会自行消失，在临床上偶尔可见，但并不多见。患者出现咽喉部囊肿无需害怕，并非恶性病变，而是良性病变。虽然部分会厌部囊肿切除后有复发风险，但即使复发也通常不会发生恶变。
