卵巢巧克力囊肿属于赘生性囊肿，通常出现后难以自行消失，可以随着女性每次月经逐渐长大。少数情况下，如果巧克力囊肿较小，如仅为1-2cm不影响妊娠，在女性怀孕后，可能对巧克力囊肿有一定治疗作用，即分娩后复查时，发现巧克力囊肿已自行消失，但此情况较少见。
卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症是妇科良性疾病，子宫内膜可以异位至多个部位，如子宫内膜异位至卵巢，可以在局部形成囊肿，临床称为巧克力囊肿。由于随每次月经来潮时，异位至卵巢的子宫内膜定期出血，但血液无法排出并积聚在卵巢内，久而久之则形成囊肿。由于囊肿内陈旧血液流出后外观类似巧克力，因此称之为巧克力囊肿。
