有些病人确实不治疗也能自愈，如肺隐球菌病。如果只是单纯的肺部结节，症状也比较轻，病人的免疫状况还可以，在严密观察下不需要使用药。有时病情比较轻的时候，会自己好转，可以在严密监视下治疗。很多情况下要去医院就诊，如果医生告诉肺真菌病等疾病可以自愈，但自愈的情况比较少，特别是重症感染，如毛霉菌感染，是血管性感染，很容易破坏血管，患者可出现大咯血导致致命。
比较重的或者病人免疫力比较差时，等待可能会贻误最好的治疗时机，因为有些真菌对肺结构的破坏比较厉害，如果不去治疗，如侵袭性肺真菌病、肺曲霉菌病，可能会形成空洞，在形成空洞之前治疗好了，不太会有明显的后遗症，如果后面不治疗，会把肺结构破坏，引起空洞肺纤维化。
