菌群失调主要可能导致消化道相关的症状，包括腹泻、便秘、腹胀、腹痛症状，都有可能存在。另外肠道菌群主要生长于肠道，引起症状主要与相关的肠道症状有一定关系，比如大便不成形、腹泻、腹胀、便秘，都有可能常引起肠功能紊乱，或者排气较多。
诊断菌群失调需要化验大便，一般要新鲜的大便，2个小时内排出来的新鲜大便在显微镜下做检查。观察菌群失调的表现，有无球菌、杆菌的减少，球杆比有无失调。
干预菌群失调主要用益生菌，调节肠道菌群的药物能帮助恢复菌群失调的表现，改善菌群的丰度，帮助治疗肠道菌群的失调，有助于减轻腹胀、便秘相关的症状。
所以菌群失调要通过大便化验进行诊断，另外可以通过饮食作为药物进行调整。生奶中经常也会添加益生菌，作为益生菌的制剂，都可以食用，都是可以用来改善菌群失调，起到改善菌群失调的作用。
