排出结石需根据结石大小、位置、成分进行处理。小结石可以通过多饮水、多运动排出体外，而较大的结石，需通过碎石的办法排出体外。肾脏结石主要是由尿液过度浓缩后，尿液结晶形成结石团块位于体内，如果结石在肾脏内＜0.6cm，可以通过多饮水、多排尿，以预防结石的变大和下坠。如果结石坠入输尿管中，形成输尿管的局部梗阻，可以通过体外震波碎石的技术，将结石爆破、排出体外。
部分结石较大，且位于输尿管的中下段，此时结石很难自行排出体外，而药物治疗效果欠佳。可以通过纤维内镜，即使用细小的内镜，从尿道口进入尿道、膀胱、输尿管等部位，找到结石后，将结石用激光等方式爆破，再将小的碎块逐步排出体外，即碎石、爆破、排出的过程。还有部分特殊的结石，如尿酸结石、胱氨酸结石、感染性结石等，可以通过相应的药物，进行溶石、排石治疗。
