制霉菌素片在治疗鹅口疮时，多半是外用治疗，即将制霉菌素片碾碎，或将其制作成可涂抹在鹅口疮病变部位的剂型。若采取上述剂型进行外用治疗，基本没有太大的副作用。
因为制霉菌素片只是涂抹在鹅口疮的病变部位，并没有注射或口服到体内。因此，基本没有太大的副作用。但对制霉菌素片过敏的患者，一定要相当谨慎。若患者有过敏史，还是应尽早避免使用，可采用其他的药物，如小苏打治疗。
另外，制霉菌素片是一种抗真菌的药物。若将制霉菌素片注射到体内或口服，可能有一定的副作用。例如胃肠道反应、引起肝脏以及肾脏的代谢问题等。
但若制霉菌素片不注射到体内、不进入血液，制霉菌素片的副作用基本上非常小。制霉菌素片在使用外用时，基本没有太大的副作用。因此，要根据鹅口疮的严重程度、大小，来综合判断、使用。
