真菌性龟头炎与细菌性龟头炎的区别在于两者症状、治疗不同，所以在治疗龟头炎时，大概可以区分出是真菌感染还是细菌感染，选择有效的抗生素对症处理，能够使龟头炎早日康复。

1、症状：真菌性龟头炎主要是由于真菌感染造成的龟头发炎，在龟头表面会出现红斑，红斑表面光滑、边缘整齐，有时伴随有疱疹或瘙痒。细菌性龟头炎大多由细菌引起，有球菌感染、杆菌感染，表现为龟头表面充血、水肿、疼痛，有时伴随溃疡或化脓，有时表面有湿疹，瘙痒明显，分泌物增多；

2、治疗：真菌性龟头炎主要用针对真菌的药物治疗，如克霉唑软膏、达克宁栓，也可以口服抗真菌的药物，如酮康唑。细菌性龟头炎多选用广谱抗生素的软膏，如百多邦(莫匹罗星软膏)、大环内酯类的红霉素软膏。而且在治疗细菌性龟头炎的时候，多口服应用抗生素，可以口服罗红霉素、阿奇霉素等，有时选择喹诺酮类抗生素，如环丙沙星、左氧氟沙星等。