自身免疫性肝炎检查，目前主要通过手段，首先是检查抗体，现在做的比较多的抗体，比如抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗线粒体抗体、抗线粒体抗体的M2亚型、抗肝肾微粒体抗体、抗可溶性肝抗原抗体，甚至是检查ANCA抗体，然后ANCA抗体又分为P-ANCA和C-ANCA，都是抗体的血液检测。
所以临床上会有一个自免肝的抗体谱，是由血液进行诊断，目前诊断价值比较有限，并不是所有的自身免疫性肝炎患者都会有抗体的阳性。其次，肝穿对于自身免疫性肝炎意义更大，也就是在B超的定位下，从肝脏取一块组织出来，在显微镜底下根据肝脏的炎症特征，比如界面性的肝炎、玫瑰花结表现，淋巴细胞的聚集情况进行定义。
根据经验对于自身免疫性肝炎，肝穿刺活检意义更大。如果没有肝穿刺活检，则不能随便使用激素，因为自身免疫性肝炎标准的治疗是激素治疗或者是免疫抑制剂的治疗。所以临床上如果怀疑自身免疫性肝炎，建议患者进行肝穿刺活检。肝穿刺活检并没有患者所想象的可怕，现在也是非常成熟的一种手段。