破伤风针的副作用主要是在注射以后可能出现过敏反应，如果对注射部位保护不佳，也可以造成注射部位的局部感染。在进行开放性伤口处理的时候，除了进行标准的清创操作之外，常在清创以后对患者进行破伤风抗毒素的注射，这种药物主要目的是预防或减少破伤风感染的机会。在注射时通常会对患者进行破伤风针皮试，如果皮试阴性，便可以将剩余的原液直接注射到体内。
如果皮试提示阳性，便通过脱敏注射的疗法，将剩余的液体分次注射到体内，这样大多数患者都可以安全的接受破伤风针注射，而避免出现过敏反应。如果患者有较明显的过敏体质，在注射以后要密切观察患者的临床表现，如果出现胸闷、气短，甚至出现血压降低、全身皮疹等比较严重的过敏性休克表现，均应积极的予以抢救治疗，大多数都可以转危为安。除此之外，对于局部的伤口，要注意清洗、消毒、适当保护，便可以避免局部注射感染。
