回肠末端溃疡自愈可能性较小，具体需取决于引起回肠末端溃疡的疾病。特别浅表的溃疡可能会自愈，但不常见，应积极配合治疗。回肠末端溃疡多是特殊类型疾病的表现，比如肠结核、克罗恩病或者溃疡性结肠炎，可在肠镜下发现。
治疗应根据具体病情判断，如结核造成回肠末端溃疡，需要抗结核治疗；如果是溃疡性结肠炎和克罗恩病造成，可针对溃疡性结肠炎和克罗恩病进行治疗；部分患者并非特殊类型肠炎，建议患者改善饮食习惯，少吃生冷、刺激食物，需忌烟酒。另外，可以用胃肠道黏膜保护剂，比如用肠道菌群调节剂改善胃肠功能，提高胃肠道黏膜免疫力，以达到溃疡愈合。
