通常全飞秒激光是比半飞秒激光更安全的治疗近视眼手术，在临床上应用全飞秒激光，也是目前更为新兴的治疗近视眼方法。全飞秒激光手术是通过飞秒激光，在角膜内磨制一个镜片，然后通过只有2mm的切口，将镜片取出，相当于把眼镜片装到角膜上。切口较小不易发生感染，且不损伤角膜上皮神经，因此安全性较高，术后发生干眼和其他并发症的几率也较低。同时全飞秒激光还可使术后的视觉质量，得到进一步的提升。
而半飞秒激光是通过飞秒激光切削一个角膜瓣，然后在角膜瓣下通过准分子激光，磨削度数，手术后再将角膜瓣覆盖回去。由于相对切口比较大，并且切削到角膜神经，因此无论是术后干眼还是感染的发生率，通常都相对偏高。
