枕大池囊肿通常考虑为先天发育异常导致，因为神经管发育、吸收不完全，遗留而导致枕大池囊肿，可在枕大池看到扩大或囊性物质。通常情况下属于良性病变，不会出现压迫，没有症状，可不予干预，极少数患者因继续生长发育而使枕大池囊肿自动吸收、消失。
如果枕大池囊肿逐步增大，可能出现压迫症状，如果压迫到小脑脑干，可出现相关功能障碍，如共济失调、言语功能障碍、吞咽困难、饮水呛咳等，需进行手术治疗，此时可通过囊肿引流术或枕大池囊肿摘除术有效去除压迫以改善症状。还可能因导致脑脊液循环障碍，患者出现脑积水症状，表现为共济失调、痴呆，甚至出现颅内压增高，引起头痛、恶心、呕吐等，这时也需进行手术治疗。
