做无痛肠镜时大便应该拉到清水的程度，即看见水无色、无渣，这是标准的清肠程度。在进行肠镜检查时基本上不受影响，在所有部位，均可以较清晰观察到黏膜的色泽、腺管，以及黏膜血管纹理的变化情况。部分患者达不到这样的标准，但在清水基底上，可以观察到有较少量悬浮物漂浮，呈淡黄色，此时也基本符合要求。通过肠镜内的吸引管道，可以吸引出这部分水中少量的渣，不影响对于肠黏膜的观察。
较多患者在喝清肠药物时，由于摄入液体量不足，达不到清肠的效果，较多患者呈现出稀水样粪便。如果还有明显粪便，达不到肠镜要求。这样的肠道准备对肠黏膜的观察有较大影响，所以肠镜检查效果会受到一些影响，最终会影响到对于早期疾病检测的敏感度，可能会遗漏一些比较早期的病变，比如较小的息肉，或黏膜早期改变。
