经皮肾镜手术在泌尿系结石手术中相对创伤较大，但手术有将近20多年历史，目前较为熟练，大部分病人恢复比较顺利。尽管如此，也可能会产生一部分并发症，具体如下：

1、出血：肾脏血管较为丰富，且肾脏内存在尿液，尿激酶会将产生的血块溶解，即肾脏出血比其它脏器出血相对更容易发生，尤其是动脉性出血。一旦发生有时可以非常凶猛，通常需进行介入栓塞治疗；

2、感染：结石梗阻后有时会发生尿路感染，甚至有些结石本身为尿路感染引起。结石手术后，无论是经皮肾镜还是输尿管镜手术，对于合并感染的风险都需要引起足够重视。通常在手术前需要先给病人抗炎3-5天，感染控制到一定程度后再进行手术。手术时间比较长，术中充血压力比较高时需观察病人血压、尿量，观察病人有无感染引起的感染性休克；

3、引起周围脏器损伤：如果穿孔位置偏高，可能会引起胸腔胸膜损伤。如果靠近腹侧，则可能会引起肠道或者肝脏、脾脏损伤，在术前需设计好穿孔位置。