体外冲击波碎石危害主要还是反复的冲击波，对肾脏组织包括对输尿管组织的损害。一般如果单次时间比较短，能级不是很高的情况下，这种危害比较轻。主要危害如下：

1、治疗效果不好：病人冲击波碎石后，可能打不碎，就是治疗效果不好；

2、血尿：在打碎过程中，部分碎结石在排的过程中，可能会产生摩擦血尿的情况；

3、疼痛：如果打完结石后，碎结石发生尿路系统堵塞，引起肾绞痛，会表现疼痛的症状；

4、感染：有些病人是梗阻时间比较长的结石，手术前查尿常规可以是好的，但实际上结石的上方尿路系统中的尿液一般比较脏，会有细菌、毒素。一旦打结石发生部分黏膜轻微损伤、小血管开放，这些尿中的细菌、毒素就会吸收入血，造成全身严重感染、发热，甚至脓毒血性休克的情况；

5、其他：根据结石的部位，如果结石位置比较高，在冲击波碎石时可能会损伤到胸膜或者胰腺的情况，甚至远期有些损伤到胰腺，可能会有些糖尿病的表现等危害。同时如果有些人多次体外冲击波碎石，可能远期会发生肾损伤、肾萎缩的情况。