海绵肾和正常肾的主要区别是在形态学的改变上，形态学主要是海绵肾的肾小管和集合管会有扩张，扩张的里面会形成结石，把肾脏切开以后，就能感觉到髓质里面好像长了海绵，这时称为海绵肾，正常肾不会出现这种情况。

另外，海绵肾虽然对肾功能的影响不太大，但是也有可能会影响到病人的肾功能，导致病人出现血尿、蛋白尿，甚至出现肾功能不全的表现，出现血肌酐、尿素氮的升高等，但是往往不是太多见，比较多见的是形态学改变。