CT成像主要利用X射线，所以可能会对人体造成轻微损害，当然可以忽略不计。核磁成像主要是巨大的磁场，没有辐射的问题。CT和核磁在检查的疾病谱方面还是有一点差别，比如核磁共振在脑、脊髓、骨关节系统、生殖系统优势很明显，虽然CT也有一些长项，但是总体上核磁会更好。在胸部检查的时候，尤其是在肺，核磁共振基本没有太大意义。
CT尤其在肺癌的筛查和诊断方面意义重大，常能在肺癌出现症状的2-3年以前就可以发现，甚至更早的时间发现。建议尤其是在早期肺癌的筛查上重点用CT，不要用X线。在腹部、实质脏器、胃肠道的检查，CT具有明显的优势，又快又准。核磁共振虽然有的一定的优势，有一定的长处，但是总体上不如CT。所以CT和核磁不能一概而论，各有优势，各有特长。
