强直性脊柱炎不一定为HLA-B27阳性，HLA-B27阳性也不一定为强直性脊柱炎，但大部分强直性脊柱炎患者HLA-B27阳性，而HLA-B27阴性也不能除外强直性脊柱炎。

临床发现强直性脊柱炎具有家族聚集性，即父亲或家里其他人患有强直性脊柱炎，孩子也易患该病，如果患者为HLA-B27阳性，家族聚集性则更强。目前认为HLA-B27跟强直性脊柱炎呈强相关，但并不是HLA-B27阳性患者就一定会患强直性脊柱炎。部分HLA-B27阴性患者也会患强直性脊椎炎。而HLA-B27阳性患者中，部分为环境或感染等各种因素刺激后患病，也有部分患者虽然B27阳性，但并没有患强性脊柱炎。

HLA-B27为强直性脊柱炎诊断其中指标之一，还需通过症状，如下腰痛、附着点炎、足跟痛及其它关节炎等共同诊断。同时也需结合影像学诊断检查判断，如骶髂关节CT、骶髂关节核磁等。因此该病需通过多方面共同诊断，而不能只依靠HLA-B27判断。