会厌谷的囊肿严重与否，主要与囊肿的大小、位置，以及是否合并感染有关。若会厌囊肿较小，没有出现压迫症状，同时没有出现进食和吞咽障碍，可通过定期做纤维喉镜检查，来随时观察它的变化，若囊肿突然变大，再予以处理亦可。若会厌囊肿较大，可能会出现压迫会厌的症状，以及出现吞咽障碍、进食困难和说话含糊感，严重时会出现呼吸困难。
若会厌囊肿合并有感染，反复发作急性会厌炎，同样会出现吞咽障碍及说话含糊感，严重时会出现呼吸困难，或引起猝死。此时应对会厌囊肿进行处理，在全麻手术支撑喉镜下，切除会厌囊肿，缓解症状，消除引起的并发症和呼吸困难的后患。
