无痛肠镜的麻醉基本使用的是静脉全麻。一般当病人到内镜中心，会进行心率、血压、氧饱和的监测，之后开放静脉，在手部静脉打留置针，留置针类似于病房吊针的针。打好后补充水分和营养，到需要做手术的时候，再注射镇静催眠药和止痛药。通常的这些药物，都是短效的药物，譬如异丙酚、依托咪酯；或阿片类药物，如小剂量的舒芬太尼、芬太尼；或使用药效较弱的阿片类药物，如纳布啡、地佐辛；也可以使用非阿片类药物，如特耐、凯纷等。
通常镇痛药的使用种类不会很多，常规使用的镇静催眠药有异丙酚或依托咪酯。药物起效后即可进行肠镜操作，手术结束或手术快结束的时候，异丙酚已经停止进入，因为异丙酚的半衰期大约10分钟，在手术结束后10分钟之内，病人可逐步苏醒。这种麻醉就是静脉麻醉，保留病人自主呼吸，病人在手术过程当中，既感觉不到痛，也没有不适反应，比较舒适。
