大部分不完全川崎病跟川崎病的治疗一样，治疗的难点是要诊断为不完全川崎，一旦明确诊断是川崎病，不管是完全或不完全都要开始启动川崎病的标准治疗。川崎病的标准治疗包括大剂量的丙种球蛋白联合阿司匹林，大部分川崎病对丙种球蛋白的治疗反应比较好。但是不完全川崎病发生丙种球蛋白耐药或丙种球蛋白无反应的发生率，比典型川崎的发生率高。
所以不完全川崎在治疗的同时，一定要严密监测治疗反应。 此类患儿一旦发生了丙种球蛋白的无反应，一定要积极或快速的启动更进一步的抗炎治疗。因为一旦发生丙种球蛋白无反应，患儿后期冠状动脉病变的发生率比丙种球蛋白敏感的川崎病的患儿要高得多。所以要更进一步积极有效的抗炎，减少冠状动脉并发症的发生，从而去进一步改善或减轻冠状动脉病变的发生率。
