头部磁共振需要的时间比CT长，具体时间与进行的序列数有关。如果患者仅是检查头颅平扫，检查脑部有无结构性改变，只进行T1项、T2项或压水序列、TWI项，大概需要5-6分钟。如果检查的序列比较多，如检查MRA，即血管成像检查，部分患者还需进行颈椎扫描，如果患者颅内有病灶，需要打造影剂观察增强扫描，时间会明显延长，可能持续10-20分钟。
患者检查的部位越多，需要的时间也会越久，例如检查颈椎，需要采取不同方法进行检查，以及胸腹部的部位越多，时间也会越长，最长可能达到30分钟。患者进行长时间的头部磁共振检查，或多或少会出现不舒服的感觉，尤其是幽闭恐惧症的患者，因此通常需要与患者沟通，让患者评估检查时间是否可以耐受，如果幽闭恐惧症患者检查时感觉烦躁、难受、恐惧、害怕，此时需要尽量避免检查时间过长。
