通常二甲双胍不会影响男性性功能。因为二甲双胍药物的作用机理主要是通过改善胰岛素敏感性，使患者的胰岛素降糖效果更好，并且可以给身体带来其他较好的作用。但是有些糖尿病患者觉得自己性功能变差，担心服用二甲双胍会进一步减低，此担心可能比较多余。建议糖尿病患者除严格控制血糖以外，若有男性功能障碍，建议要积极到医院诊治，因为有可能会出现糖尿病植物神经病变合并周围神经病变。
但是最新也有研究观察到长期服用二甲双胍可能会影响维生素B12的吸收，而维生素B12对于神经纤维的构建比较重要。因此认为服用二甲双胍导致维生素B12不足，可能会间接影响到男性功能。这种医学联系可能成立，但是在临床上其实并没有因果关系，因为较多糖尿病患者在没有服用二甲双胍时，本身的男性功能已经出现减退。但如果担心是二甲双胍导致维生素B12缺乏，可以到医院做检测，若确实有缺乏可以相应补充维生素B12。
