儿童扁桃体肥大的治疗主要是尽量减少扁桃体的发炎次数，预防上呼吸道感染，不要让扁桃体过度肥大。大部分儿童10岁左右，扁桃体能够逐渐自然萎缩。但如果扁桃体反复发炎或过度肥大，引起打鼾、呼吸道狭窄，就可以考虑手术切除扁桃体。
儿童期都会有先天性扁桃体肥大，一般2-3岁以后都会有扁桃体肥大，而且扁桃体有少量的参与人体免疫的功能。10岁左右扁桃体的免疫功能退化，相应的也就会萎缩。
但如果扁桃体反复发炎，会造成扁桃体过度肥大，主要表现在打呼噜，严重的可能会造成呼吸暂停。扁桃体反复发炎可能会造成儿童的抵抗力下降，而不是增强免疫力。
像这种扁桃体反复发炎、发炎过于频繁，都可以考虑手术切除扁桃体。扁桃体切除对儿童的免疫系统不会造成过多损失，家长不必过于担心。
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