第四跖骨短小症，在新生儿中的发病率大约占2/10000-5/10000。但是第四跖骨短小症的遗传概率较小，因为第四跖骨短小症有一部分有遗传性因素，表现为上一代或者家族中有病史，而下一代中也同时发生第四跖骨短小症，但是第四跖骨短小症同时又有非遗传因素的存在，主要是母亲在怀孕期间服用了某些药物，比如消炎镇痛的药物，会引起第四跖骨关节软骨或者是骨骺的发育异常，而导致骨骺早期闭合或者发育迟缓。所以第四跖骨短小症遗传给下一代的概率较小，因为只有少部分可以通过遗传的方式遗传给下一代。大部分是母亲在怀孕期间，与周围环境因素、药物、接触辐射，或者环境污染有关。

在临床上第四跖骨短小症与手指短小症，同时合并存在，两者受到同样的遗传概率影响，遗传的概率总体偏小。虽然没有具体或者非常科学的统计，但是通过预防或者早期胎检，可以做出判断。现在基因学的进展，可以比较准确的判断出第四跖骨短小症的基因突变，通过早期基因筛查和基因检测，预防和治疗第四跖骨短小症。